Muzeum powstało w 1994 roku z inicjatywy Andrzeja Wajdy i Krystyny Zachwatowicz-Wajdy. Główną jego jest popularyzowanie kultury japońskiej w Polsce. Muzeum prezentuje zjawiska związane z Japonią dawną i współczesną. Instytucja prowadzi działalność wydawniczą, wydawane są katalogi organizowanych wystaw oraz publikacje obejmujące informacje na temat kultury, sztuki, architektury Japonii. Muzeum Manggha ma też swój wkład w upowszechnianie europejskiej sztuki i kultury XX i XXI wieku inspirowanej kulturą i sztuką Dalekiego Wschodu. Zgodnie z planem Fundatorów, muzeum miało zostać domem dla kolekcji sztuki japońskiej, zgromadzonej przez Feliksa Mangghę Jasieńskiego, stało się to w 2009 roku. Oryginalną bryłę muzeum zaprojektował wybitny japoński architekt Arata Isozaki we współpracy z architektami krakowskimi: Krzysztofem Ingardenem, Jackiem Ewy i biurem JET Atelier. W 2015 roku został otwarty nowy budynek Galerii Europa – Daleki Wschód stanowiący aneks istniejącego gmachu muzeum. Galeria ta funkcjonuje jako przestrzeń wymiany artystycznej pomiędzy Europą, a krajami azjatyckimi.
Źródło: materiały prasowe Muzeum Manggha